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固态发酵是一种培养基呈固态、培养基中没有或几乎没有流动水、利用自然底物作为碳源和能源或利用惰性底物作为支持物的发酵过程。该方法的优点为培养基简单且来源广泛，枯草芽孢***，利用自然底物如麸皮、豆粕等作碳源和氮源；后处理加工方便，枯草芽孢***经销商，往往无需分离提纯；含水率低，无大量废水排放，枯草芽孢***代理商，清洁环保；缺点为固态发酵传热困难，菌体生长不均匀，存在热量和质量梯度，从而限制发酵水平，发酵周期较长。

液固两相发酵指的是先通过液态发酵，快速培养大量高活力菌体，然后通过无菌输送将高活力菌体接种到固态培养基进行发酵。该方法的优点为结合了液体发酵周期短、菌量大和固态发酵成本低、菌体活力高的优势，同时也回避了液态发酵后期处理复杂的问题。缺点为从液态到固态，菌体可能会因为培养基差异过大导致延滞期过长，进而降低发酵效率。